গভীর রাতে পটিয়া মাদ্রাসায় ভাঙচুর ও জোরপূর্বক মহাপরিচালকের পদত্যাগপত্রে স্বাক্ষর নেওয়ার ঘটনার তীব্র নিন্দা ও প্রতিবাদ জানিয়েছে কওমি মাদ্রাসা ভিত্তিক বিভিন্ন আঞ্চলিক শিক্ষাবোর্ড ও সংগঠন। এছাড়া সোশ্যাল মিডিয়ায় এ ঘটনায় প্রতিবাদ করছেন অনেকে।
বুধবার জাতীয় ওলামা মাশায়েখ আইম্মা পরিষদের সভাপতি মাওলানা নূরুল হুদা ফয়েজী ও সেক্রেটারি মাওলানা রেজাউল করীম আবরার এক বিবৃতিতে বলেন, পটিয়া মাদ্রাসায় সম্প্রতি যে হামলার ঘটনা ঘটেছে তা বাংলাদেশে দীর্ঘমেয়াদে ইসলাম ও কওমি মাদ্রাসাবিরোধী গভীর ষড়যন্ত্র ও চক্রান্তের তীব্র বহিঃপ্রকাশ।
কওমি মাদ্রাসার সর্বোচ্চ নিয়ন্ত্রণ সংস্থা আল-হাইয়াতুল উলইয়াকে সংকট নিরসনে এগিয়ে আসার আহ্বান জানিয়ে তারা বলেন, ইতোপূর্বে হাটহাজারী মাদ্রাসায় যে ন্যাক্কারজনক ঘটনা ঘটেছে, তার সুষ্ঠু তদন্ত ও দোষীদের শাস্তি নিশ্চিত না করার ফলেই পটিয়ায় এমন ঘটনা পুনরায় সংগঠিত হয়েছে। তাই কওমি মাদ্রাসার সর্বোচ্চ নিয়ন্ত্রণ সংস্থা আল-হাইয়াতুল উলইয়া ও জামিয়া পটিয়ার তত্বাবধায়ক বোর্ড ইত্তেহাদুল মাদারিসের দায়িত্বশীলদের সংকট সমাধানকল্পে সুষ্ঠু তদন্তপূর্বক দোষীদের জবাবদিহিতার আওতায় নিয়ে এসে মাদ্রাসার শিক্ষাকার্যক্রমকে স্বাভাবিক ধারায় ফিরিয়ে আনতে হবে।
এছাড়া নোয়াখালী-লক্ষ্মীপুরের আঞ্চলিক শিক্ষাবোর্ড জমইয়্যাতুল মাদারিসিল কওমিয়াহ, ফেনী জেলার আঞ্চলিক শিক্ষাবোর্ড তানযীমুল মাদারিসিল কওমিয়াহ, আবনায়ে জামেয়া পটিয়া ঢাকা ও আঞ্জুমানে ইত্তেহাদুল মাদারিসের বিভিন্ন জেলা-উপজেলা কমিটি থেকে প্রতিবাদ জানানো হয়েছে।